1985’te ilk albümlerini çıkardılar; "Killing Is My Business... And Business Is Good!" Tamamen amatör ruhla hazırlanmış ve müthiş hızlı ve keskin gitarların kullanıldığı albümde Mustaine piano da çaldı. Genelde gençlik, hızlı yaşam, ölüm, thrash ve siyaset hakkındaydı şarkı sözleri. Albüm fazla satmadı ve dolayısıyla çok kişiye tanıtamadılar kendilerini.
1986 yılında ’’Peace Sells... But Who Is Buying?’’ albümünü çıkardılar. Daha profesyonelce hazırladıkları bu albüm bir öncekine nazaran daha derli toplu, daha organize, ve daha oturmuştu. Değindikleri konular albümün adından da anlaşılacağı gibi barış ağırlıklı sözlerdi. Özgürlük ve biraz da karamsarlık. Bu albümle beraber grubun maskotu olan ’’VIC the skull__ RATTLE HEAD’’ tanınmaya başlamıştı.
Grubun davulcusu Samuelson ve gitaristi Poland gruptan çıktı. Yerlerini davulcu Chuck Behler ve gitarist Jeff Young aldı. (1987)
1988’de grup 3. albümü olan "So Far, So Good... So What?"ı piyasaya sürdü. Bu albümle iyice ünlenmeye başlayan Megadeth, gerek müziğiyle gerekse Mustain’in ustalıkla yazdığı şarkı sözleriyle ’’taviz vermeyeceğiz’’ mesajını veriyordu herkese. Aileler çocuklarının Megadeth dinlemesine izin vermiyordu artık ve bu Megadeth’in yavaş yavaş amacına ulaştığını gösteriyordu. Bu yeni albüm grup elemanlarının değişmesiyle diğerlerine nazaran daha farklı bir müzikal konseptteydi. Bu sefer yasalara, politikacılara, diktatörlere ve otoriteye karşı çıkmıştı şarkılarıyla. Ve Sex Pistols’un bir şarkısını coverladılar. ’’Anarchy in UK’’... Artık yaptıkları müziğin ve isyanın evrensel olduğunu göstermişlerdi herkese.
1989’da kadro yine boşalmıştı. Behler ve Young gruptan çıktı. Grup senenin sonlarına doğru davulcu Nick Menza’yı aldı bünyesine. Ve aynı sene içinde Mustaine zararlı ve yıkıcı araba kullanmaktan tutuklandı ve içeri atıldı.
1990’da grup Alice Cooper’ın "No More Mr. Nice Guy" şarkısını coverladı. Hala gitarist açığı olan grup gitar virtizü olan Marty Friedman’laanlaştı ve "Rust In Piece" çıkardılar piyasaya. Çok fazla ilgi gören albüm silinmesi imkansız hale gelen bir efsaneye imza atmış oldu. Tamamen değişik bir tarzdaydı albüm. Dakikalarca süren sololar, karmaşık davullar ve melodik ritmleri yine muhalif sözlerle yoğurmuşlardı. O sıralar olmuş olan Körfez Savaşından tutun uzaylılara kadar yayılmıştı işledikleri konular.
1991’de grup "Rusted Pieces" adlı ilk videosunu çıkardı. Daha sonra "Bill & Ted’s Bogus Journey"e soundtrack (film müzikleri) olmak üzere "Go To Hell" şarkısını hazırladılar.
1992’de de Super Marıo Bros’a "Breakpoint" adlı şarkılarını verdiler ve bu, oyunun soundtracki oldu. Ve grup "Countdown to Extinction"ı piyasaya sürdü. Artık ününe ün katmış olan grup müzikalitesini iyice geliştirdi ama amatör ruhları yavaş yavaş kaybolmaya başladı. Müziğinde artık teknolojinin son harikalarını da kullanmış olan grup yine tamamen farklı bir tarz denemişti. Genelde yine çok tutulan albüm bazı fanları tarafından hoş karşılanmamıştı. Yoksa grup paranın tadını aldı mı? diye endişeler doğmaya başlamıştı. Yine efsaneleşen bu albümün sözleri yine ABD’yi yere batırıp çıkarmıştı. Şarkılara çektikleri kliplerde politikacıları öldürüyor, askerleri aşağılıyor, silahları kırıyordu. Artık tabii çevrenin yok oluşuna da parmak basıyorlardı. Ve aynı sene "Exposure Of A Dream" adlı videoyu çıkardılar...
1993’e gelindiğinde grup The ^^Last Action Hero^^ adlı film için Angry Again adlı şarkıyı yaptı. Ve 99 Ways To Die adlı şarkısını da "The Beavis and Butthead Experience" için soundtrack olarak yaptı.
1994’te "Youthanasia" yı çıkaran grup artık o kadar piyasaya karışmıştı ki artık MTV’nin vazgeçilmez malzemelerinden biri olmuştu. Artık biz yaşlandık ve sorunlarla uğraşacak halimiz kalmadı mesajını verdi bu albüm ve fanlarını büyük bir hayalkırıklığına uğrattı.Daha sonra Black Sabbath’ın Paranoid adlı şarkısını bir Black Sabbath tribute albümü olan "Nativity in Black: A Tribute to Black Sabbath" coverladı.
1995 yılında daha önce çıkardıkları soundtrack şarkılarının bir nevi toplaması olan "Hidden Treasures"ı piyasaya sürdüler. Ve daha sonra ^^Evolver: The Making of Youthanasia^^ videosunu çıkardı grup.
1997 de "Cryptic Writings"le döndüler piyasaya. Müzikalitesinden hiç ödün vermemiş olan grup amacından ve fanlarından caymışa benziyordu. Artık yeni hayranlar kazanma çabası içindeydiler ve bahaneleri herzamanki gibi ’’Biz değişik şeyler yapmayı seviyoruz’’ şeklindeydi. Daha sonra Almost Honest adlı şarkıları "Mortal Kombat" için yeniden düzenlendi ve kullanıldı.
1998’de emektar davulcu Nick Menza’nın hastalığı yüzünden grup başka bir davulcu arayışına girdi ve Jimmy DeGrasso yeni davulcu olarak gruba dahil oldu. Fanlarına üst üste hayal kırıklığı yaşatan grup büyük bir süratle müzikal açıdan olmasa da sosyal açıdan dejenere oluyordu.
Ve 1999... Megadeth için bir dönüm noktası olan "Risk" albümünü çıkardılar. Kalitesini yansıtmaktan uzak olan bu albüm ile birlikte grubun adı Backstreet Boys’la anılmaya başlandı. Gerek müzikal açıdan gerekse sosyal yönüyle şaşırtıcı niteliğe sahip olan "Risk" albümü, gruba tamamen yeni bir hayran kitlesi kazandırdı. Tabii bir de basının sevgisini... Aynı sene bu albümden olan "Crush’em" şarkısını ’’Universal Soldier 2 Soundtrack’’ olarak yayınladılar.
2000’de Marty Friedman gruptan tek başına çalışmak üzere ayrıldı. Yerini "Savatage" ın gitaristi Al Pitrelli aldı. 10. albümlerini çıkarmak üzere çalışmaya başladıklarında Capitol Records’dan ayrıldılar ve Sanctuary Records ile anlaştılar. Daha sonra rahata ve paranın tadına iyice alışmış olan grup, düzmece bir toplama albüm hazırladı. (Capitol Punishment: The Megadeth Years)
2001 yılına gelindiğinde grup yeni gitaristiyle yeni bir albüm çıkardı. (The World Needs A hero!) Artık müzikalitesi iyice düşmüş Megadeth’in eski halinden eser kalmamıştı. Bu albüm eski hayranlarının yüreğine azıcık da olsa su serpti çünkü rock müziğine daha yakındı. Yaptıkları hatalardan üzgün olduklarını belirten grubun kurucu ve baş üyesi Dave Mustaine; "Risk" albümü için özür diledi hayranlarından ve aynı sene Türkiye’ye gelip Türk hayranlarına tamamen mükemmel bir müzik ziyafeti çekti...